Abdoulaye Djimdé obtint son doctorat en médecine à l’Ecole Nationale de Médecine et de Pharmacie de Bamako, au Mali, en 1988. En 2001, il obtint un doctorat en Microbiologie et Immunologie de l’Université du Maryland, Baltimore, Maryland, États-Unis.

Depuis 2012, Djimdé est Professeur agrégé en parasitologie-mycologie. Il est actuellement le Chef de l’Unité d’Epidémiologie Moléculaire et de Résistance aux Médicaments du Centre de recherche et de formation sur le paludisme de l’Université des Sciences, Techniques et Technologies de Bamako, au Mali (USTTB). L’objectif principal de ses recherches est de comprendre comment le parasite du paludisme résiste aux médicaments antipaludiques et comment cette résistance se propage dans le temps et l’espace. Avec son équipe et ses collaborateurs, il effectue des analyses sur le terrain et en laboratoire pour étudier comment les événements génétiques du parasite de la malaria, de l’hôte humain et des génomes du moustique vecteur sont liés au résultat du traitement et à la propagation de la résistance aux médicaments.
Outre ses propres recherches, il a joué un rôle déterminant dans la création du réseau mondial sur la résistance aux médicaments antipaludiques et a siégé à son conseil consultatif scientifique pendant plusieurs années. Il a été nommé président du groupe de travail de l’initiative multilatérale sur le paludisme au sein de l’OMS-TDR.

En 2009, il a été l’un des deux boursiers internationaux du Wellcome Trust Sanger Institute. Il est l’actuel Coordinateur du Réseau d’Afrique de l’Ouest pour les Essais Cliniques de Médicaments Antipaludiques (WANECAM) et leader du Réseau de diversité plasmodiale – Afrique (PDNA). Il est le président fondateur de l’Association africaine pour la recherche et le contrôle de la résistance aux antimicrobiens (AAAMR) et le Directeur de Developing Excellence in Leadership and Genetics Training for Malaria Elimination (DELGEME) en Afrique subsaharienne et le Directeur du Centre de recherche et de formation sur le paludisme (MRTC-Parasitologie). À ce jour, il est co-auteur de plus de 135 publications scientifiques évaluées par des pairs.